荧光标记可用于任何需要在复杂背景中区分特定颗粒子集的情形。 可以对荧光纳米粒的粒度和浓度加以测量，以了解这些颗粒在可能会导致颗粒团聚的复杂介质（如血清）中的性质。 这可以应用于了解给药载体的“归宿”以及纳米粒的毒理学（例如生物环境中）。 此外，荧光标记抗体可用于特异性结合至样品中的靶向颗粒，从而提供一种识别未知样品中特定颗粒的机制。 这暗示可以用于诊断应用，如用于对外泌体和微泡的研究，在疾病监测中颗粒物检测仪，可以对指定标志物进行识别和监测。

NanoSight 纳米颗粒跟踪分析系列仪器能够以光散射模式运行，该模式下乙炔检测仪，仪器中的所有颗粒物均可实现可视化和测量（因此无需对样品进行荧光标记以便测量）。或者，仪器也能以荧光模式运行酒精检测仪，该模式下，仪器仅能测量荧光纳米粒。

NanoSight 系统可以使用 405 nm（紫色）、488 nm（蓝色）、642 nm（红色）或 532 nm（绿色）激光源来激发合适的荧光团，随后使用匹配的长波通滤光片和短波通滤光片对其荧光进行测量。

在以下示例中颗粒物检测仪，将荧光标记 (Fluoresbrite) 的 100 nm 聚苯乙烯珠和未标记的 100 nm 聚苯乙烯珠按照约 50:50 的比例混合颗粒物检测仪，在光散射模式下（红线和顶部图像）以及滤除荧光后进行分析（白线和底部图像）。

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